Парктің құрамында төмендегі 6 құрылымдық бөлім және үш филиал бар:
1. Ғылым, ақпарат және мониторинг бөлімі: табиғи-қорық қорының нысандарының қозғалысын зерттеп және түгендеу жұмыстарын жүогізеді, қоршаған ортаның жағдайына болжап жасайды, қорғаудың ғылыми негізделген шараларын әзірлейді. «Табиғат жылнамасын» құрастырады.
2. Табиғи кешендерді қорғау бөлімі: парки аумағын күзетуді қамтамасыз ету, белгіленген тәртіптің жүзеге асыруын және сол тәртәптәң бұзылуын қадағалайды. Рейдтер жүргізіп, басқа табиғат қорғау мекемелерімен жұмыс жүргізеді.
3. Экологиялық ағарту және туризм бөлімі: экологиялық ағарту жөнінде бұқаралықақпарат құралдарымен жұмысты, жарнама баспа жұмысын, мұражайлық жұмысты, экологиялық экскурсия және танымдық туризм, онда білім беру мүшелері мен мұғалімдік корпустармен өзара іс-әрекеттер шараларын ұйымдастырады.
4. Орманды қоғау мен өсімін молайту бөлімі: орманды молайту мен қорғау жөніндегі бағдарламаға қатысады. Орман қорын пайдалануды, қорғауды қадағалайды. Экологиялық жүйені бақылап, «Табиғат жылнамасын» құруға қатысады.
5. Жануарлар әлемін молайту бөлімі: жануарлар әлемінің қорын қорғау және молайтуды қамтамасыз етеді. Жабайы аңдардың санағына есеп жүргізеді. Жануарлар әлемін молайту жұмыстарын жүзеге асырады.
6. Қаржы және ұйымдастыру бөлімі: бухгалтерлік есепті, қаржы және ұйымдастыру жұмыстарын жүогізеді.
Жедел басқаруды және күнделікті басқаруды жүзеге асыру үшін парк құрамында үш филиал құрылған (Төлеби филиалы-жер көлемі 45509 га, Түлкібас филиалы-жер көлемі 26971 га, Өгем филиалы-жер көлемі 76573 га).